Honning skal behandles og opbevares med omhu. Hvis honning står for varmt og hvis der samtidig er en høj luftfugtighed (over 60%), kan honning begynde at gære. Uåbnet honning på lager opbevares bedst tørt, mørkt og køligt ca. 6-12 grader.
Honning der bruges dagligt bør opbevares tørt og køligt. Der skal altid bruges rene redskaber til at tage honning med. Redskaber der er blevet brugt til andre fødevarer, kan tilføre honningen bakterier, der kan få honningen til at harskne og gære.
Honning kan fryses, derved forlænges holdbarheden. Flydende honning der fryses i større portioner, kan holde sig flydende i op til 6 måneder. Dette betyder at man kan bruge af honningen løbende, direkte fra fryseren. Honningens store sukkerindhold forhindrer, at honningen kan fryse helt.